Po roce stráveném v křídě se Connor a Abby konečně vracejí do současnosti a zjišťují, že Archa se během jejich nepřítomnosti výrazně změnila a že ji nyní financuje podnikatel Philip Burton a vede tichý a záhadný Matt Anderson. Connor a Abby se zpočátku nemohou vrátit do hlavního týmu kvůli novému vojenskému kodexu, ale brzy se jim podaří dostat se zpět, i když se stále musí snažit získat zpět své staré pozice v týmu. Když se do současnosti dostanou dva cestovatelé z Anomálie (viktoriánská dáma Emily Merchantová a vražedný Ethan Dobrowski), Matt se Emily ujme a začne se jí otevírat o své minulosti a o tom, kým ve skutečnosti je, zatímco Ethana loví a snaží se před ním Emily ochránit. Mezitím se Connor stále více spojuje s Philipem a jeho tajemným projektem Nový úsvit pro Anomálie a vztah Connora a Abby se kvůli tomu začíná vyostřovat.
