Après sa fuite de Tokyo Jupiter avec Haruka, Ayato commence à se poser de nombreuses questions : pourquoi est-ce que sa mère a du sang bleu ? Reika est-elle morte lors de l'affrontement avec les deux dolems de Mu ? Il va alors se retrouver dans l'autre monde qu'il croyait à jamais détruit. Il y a plus d'hommes sur Terre qu'il ne le croyait, il reste d'autres villes et d'autres pays qu'il croyait disparus. Un doute l'assaille lorsqu'il arrive à rentrer en contact avec sa mère par téléphone alors qu'elle se trouve toujours dans Tokyo Jupiter.
