A harmadik évad elején szerencsésen megállítják a lidérceket a Földre jutástól, ám az újabb a retrovírus újabb sikertelensége és a megmaradt lidérc fenyegetés közepette egy eddig ismeretlen, hatalmas ellenséggel kell szembenézniük: az asuraiakkal. (Pegazusi replikátorok.) A helyzet tovább romlik, mikor egy kísérlet balul sül el: Atlantis ZPM-je teljesen lemerül, nem működtetve tovább a pajzsot. Hamarosan találnak egy elveszett Ős hajót, és elvesztik a város feletti uralmat, amikor a hajó személyzete visszaveszi az irányítást. A CSKP Richard Woolseyt és O'Neill tábornokot küldi, hogy egyezséget kössenek az expedíció visszatérésével kapcsolatban. Woolsey és O'Neill a Földet tárcsázzák és közlik, hogy az asuraiak átvették az uralmat Atlantisz fölött és megölték az Ősöket. Az expedíció főbb tagjai megtagadják feletteseik utasításait és visszafoglalják a várost, megölve a replikátorokat. Az évadzáróban megtudjuk: az asuraiak flottát építenek a Föld ellen. Az Apollo csatahajó megelőző csapást mér, ám az asuraiak ellentámadása katasztrofálisnak bizonyul: egy műholdban levő csillagkapun keresztül egy lézersugárral támadják Atlantiszt. Végső lépésként beindítják a város hiperhajtóműveit és elhagyják a bolygót. Azonban a hajtómű meghibásodása miatt a város ismeretlen területekre sodródik és a ZPM-ben mindössze egy napra elegendő energia marad, miközben Dr. Weir állapota kritikus.
