Il Progetto Noah è una struttura medica segreta in cui gli scienziati stanno sperimentando un virus pericoloso che potrebbe portare alla cura di tutte le malattie, ma ha anche il potenziale per spazzare via la razza umana. Quando la giovane Amy Bellafonte viene scelta come soggetto di prova, l'agente federale Brad Wolgast è l'uomo che ha il compito di portarla nella struttura. Successivamente Wolgast diventa il padre surrogato, mentre cerca di proteggerla ad ogni costo. Il viaggio di Brad e Amy li costringerà a confrontarsi con lo scienziato principale del progetto, il maggiore Nichole Skyes e con l'ex agente operativo della CIA incaricato delle operazioni, Clark Richards, che Brad ha addestrato. Allo stesso modo li porta faccia a faccia con una pericolosa nuova razza di esseri confinati all'interno delle mura della struttura, tra cui l'ex scienziato Tim Fanning e la detenuta nel braccio della morte Shauna Babcock. Nel cercare gli alleati che riesce a trovare, Brad si rivolge anche alla sua ex moglie, la dottoressa Lila Kyle per chiedere aiuto. Ma mentre gli scienziati del Progetto Noah si preparano a una cura che potrebbe salvare l'umanità, questi nuovi esseri iniziano a mettere alla prova i propri poteri, avanzando di un passo verso una fuga che potrebbe portare a un'apocalisse inimmaginabile.
