Japonia wynalazła potężny egzoszkielet „Infinite Stratos”, który szybko stał się powszechną bronią. Jako że może być pilotowany wyłącznie przez kobiety, zdominowały one społeczność. Orimura Ichika, piętnastoletni chłopiec, przypadkowo dotyka IS w szkole dla pilotów Infinite Stratos, co prowadzi do jego nieoczekiwanej aktywacji. Wkrótce zostaje przeniesiony do Akademii IS, gdzie jako jedyny mężczyzna zdolny do pilotażu IS, budzi spore zainteresowanie wśród płci przeciwnej. Czyżby jego szkolne życie, pełne pięknych dziewczyn, właśnie się zaczęło a razem z szkolnym życiem kłopoty?
