W 2016 roku w wyniku eksplozji elektrowni jądrowej dochodzi do katastrofy w Tokio, 20 lat później miasto ze względu na wysokie promieniowanie staje się wyludnione. W pewnym momencie zostaje odebrany sygnał SOS nadany z tego obszaru w związku z tym Japońskie Siły Samoobrony wysyłają 3 dziewczyny ze specjalnej jednostki do poszukiwania rozbitków - Coppelion. Pytanie jednak brzmi, dlaczego one nie mają na sobie żadnej ochrony przed promieniowaniem?
