สมรภูมิกลับไปเดือดดดาลที่อวกาศอีกครั้ง ยานอาร์คแองเจิ้ลร่วมวกับประเทศออร์บและกลุ่มไคลน์เป็นพันธมิตรใหม่ ทางกองทัพโลกก็ระดมกำลังไปที่ฐานทัพบนดวงจันทร์มุลต้า อิสราเอล ผู้นำของบลูคอสมาสเข้ามานำทัพพร้อมกับ "โดมิเนียน" ยานอาร์คแองเจิ้ลหมายเลข 2 ในขณะที่ความวุ่นวายังไม่ก่อตัว คิระ และมู ได้พบกับความลับในชาติกำเนิดของทั้งคิระและครูเซ่ ที่โคโลนีเมนเดล อดีตอันดำมืดได้นำมาซึ่งสิ่งใด?
